Construída em 1878, no início da terceira vaga de destilarias, a Glenrothes quase afundou antes mesmo de ser concluída. Como qualquer empreendimento especulativo, os investidores iniciais (todos à data detentores da Macallan) foram vítimas de más circunstâncias económicas, o colapso do Banco de Glasgow. O grupo separou-se, tendo apenas continuado William Grant (não o mesmo da Glenfiddich), Robert Dick e John Cruikshank, que apenas concluiram o projeto graças a um empréstimo oportuno da Igreja Presbiteriana Livre Unida de Knockando, que apesar de normas rígidas, eram claramente imbuídos pelo espírito de caridade cristã. A Glenrothes prosperou e após este começo infeliz fundiu-se com a destilaria Bunnahabhain em 1887, criando a Highland Distillers. Com Robertson & Baxter como agentes, Glenrothes foi imediatamente marcada como material de primeira classe, tendo como destinos mais notáveis a Cutty Sark e a The Famous Grouse.
Como muitas destilarias, com o boom da década de 60 assistimos a um aumento de capacidade, de quatro para seis alambiques, e mantendo o otimismo, passou para oito em 1980 (mesmo estando as restantes destilarias estavam a abrandar produção).
Em 1987, o longo relacionamento com a Cutty Sark levou a Glenrothes ao portfólio da Berry Brothers & Rudd (comerciantes de vinho de Londres que detinham 50% da marca Cutty).
Em 1989, a destilaria Glenrothes desafiou mais uma vez as tendências do mercado tendo aumentado o número de alambiques para dez. Em 1993, sob a orientação da Berry Brothers & Rudd (BB&R), os single malt começaram a ser lançados com anos de colheita (p.ex.: 1992, 1995, etc...) em vez das declarações de idade padrão (p.ex.: 10 Anos, 12 Anos, etc...). Estes lotes mais pequenos permitiram à BB&R mostrar diferentes aspectos da evolução do whisky durante o estágio (em vez de diferenças entre os sabores de ano para ano). Passado alguns anos, aos "Colheita" (Vintage) juntaram-se lançamentos de maior volume sem indicação de idade, como o Select Reserve e o Alba Reserve.
Em 2010, a Berry Brothers & Rudd vendeu a Cutty Sark à Edrington (empresa que absorveu a Highland Distillers) em troca da marca The Glenrothes (muito embora a destilaria continuasse fazer parte do grupo Edrington e tendo o whisky que ali era feito um papel significativo nos blends da destilaria, bem como em destilarias concorrentes).
Em 2017, a Edrington comprou a marca Glenrothes de volta para acelerar o crescimento do Single Malt nos mercados internacionais.